Hra se odehrává na dvou světech - Kokonu a Pulsu. Kokon je utopické město, kde lidé žijí v blahobytu, Puls je divoká, neprobádaná planeta. Život lidí na Kokonu ovládají Fal-Cie, božské stroje zajišťující vodu, světlo atd. Stroje mají i své lidské zástupce - vládu nazývanou Sanctum. Vláda má hrůzu z bytostí pocházejících z planety Puls - i na Pulsu existují božské stroje, které podle tradice usilují o zničení Kokonu. Stroje mají navíc zvláštní způsob komunikace přímo s lidmi - dokáží si člověka "vyvolit" a udělat z něj L-Cie, člověka, kterému ve snu vyjeví tzv. Fokus, božské zadání, životní úkol. Vyvolený musí úkol v předem neurčeném časovém limitu splnit, jinak se stane nemrtvou nestvůrou. Splnění úkolu znamená změnu v krystal. Hra se točí kolem incidentu, při němž byla v zapadlé části Kokonu nalezena Anima - temný stroj z Pulsu, který se do města dostal před mnoha lety a od té doby spal. Vláda Sanctum neví, kolik lidí přišlo do styku s Animou a bylo jí případně vyvoleno jako L-Cie. Protože vláda předpokládá, že případní vyvolení Animy dostanou Fokus vedoucí ke zničení Kokonu, rozhodnou se deportovat nebo vyvraždit všechny lidi, kteří s Animou mohli přijít do styku - tj. všechny lidi bydlící v části města, kde Anima spala. To je genocida, jíž hra začíná. V průběhu hry se hráč dozvídá o událostech posledních 13 dní vedoucích k začátku hry - co dělala která postava, jak vše souvisí se vším. Samotný příběh se pak točí kolem božského zadání temné Animy - příchodu Ragnaroku a zničení světa, zkázy Kokonu, k níž mají hrdinové vyvolení temnou mocí sami přispět. Příběh se mi celkem líbil, ale konec mi přišel jako klasický anime zmatek. Pokud ho pochopíš, napiš to sem, prosím, taky, rád si přečtu, jak to vlastně všechno bylo.